Para empezar, todavía no existe ningún emulador para DS que emule (valga la redundancia) juegos al 100%. Igualmente, amén de eso, la velocidad del emulador depende mucho de la capacidad de memoria RAM que tengás, y en este caso, es bastante (te lo digo porque a mí también me funcionan lento)
Lamento no poder ayudarte con tu problema. Si encuentro algo concreto, lo posteo (aunque hace rato que deje de buscar porque me pudrí)

Lo más bizarro de todo es que el primer día que puse a andar el juego en el Windows XP andó re fluido. No se si los drivers de la placa de video los instalé antes o después.

anda administrador de tareas -> procesos->busca el emulador->click en el botón secundario->establecer prioridad->prioridad alta.

No le des la prioridad completa porque dejan de andar el teclado y el mouse -x-...

BTW: las demas cosas te van a funcionar lento, así que no tengas 400 cosas mientras jugas (es la única manera de jugar al pokemon)

por cierto te recomiendo el noca$hgba oxo la ultima versió también emula NDS

Primero que nada, decime exactamente que emulador y que maquina tenes?

No$Gba creo que estaras usando, porque de hecho es el unico que corre FFIII y IV sin glitches graficos. (Si usas el modo OpenGL en el emu y no el Cash Renderer)

Segundo: El emulador usa mucho CPU y placa de video, asi que si tenes algo viejo, onda... athlonXP o algo asi y una geforceFX 5200.... como que VA a andar lento. La memoria ram tambien ayuda, pero poco y nada. Lo que mas importa en la placa de video, dicho sea de paso, no es la memoria ram, es su GPU. La memoria ram de una placa de video casi nunca ayuda si el GPU no da abasto para usarla como corresponde.

La solución? Mercadolibre o CDMarket. Pueden comprar una polar blue o una rosa.

Notas:
1 - con 256 de ram para el equipo no podés emular mucho que digamos ni jugar juegos de emuladores "complejos".. inclusive con 256 de ram hasta el XP te debe andar razonablemente "lento"
2 - el emulador de NDS esta MUY POCO desarrollado, por tanto hasta el emulador mas avanzado funca para atras.
3 - ni yo, con 2 gb de ram y 256 de video puedo hacerlo andar "como la gente"... osea logro que ande bien pero hay partes que hace el choppeo constante de frames.

Idea: intentá activando el frame skip... quiza te ayude en algo...

La posta es esa...

Tengo una GeForce 6200 de 356 Megas

También tengo instalados el Windows XP y el 98, solo que para el XP no uso internet.

Uso el emulador no$gba. Probaré todas sus sugerencias cuando reinicie la PC en el otro sistema operativo. Luego les comentaré las novedades. El tema es que con o sin placa de video anda igual que siempre, lo que me extraña.

Usa mas el procesador, pero para los juegos 3D, por ejemplo, si le pones en renderer que use OpenGL ahi vas a notar un impacto segun la placa de video. Pero en tu caso estoy mas que seguro que es el procesador lo que te esta matando n_n.

en ram no tiene nada que ver aca, es cuestion de que los emuladores no son grosos todavia. poente a invetigar por las opciones y sacale el sonido o alguna de esas boludeces, igual nunca te va na andar al 100 algunos juegos, te recomiendo un juego re fulero que anda re sarpada en emulador : Castelvania y aparte esta re zapado mal el juego

El Dawn of Sorrow sólo se relentiza en areas muy grandes o con efectos especiales (como el nevado)

Y el Portrait of Ruin? es injugable.

Igual son pocos los que andan mal. El Contra IV es re flashero, es todo un lujo. Y el Resident Evil lo mismo, sin dramas.

Jugue todos esos y me andan perfecto. Tambien jugue Osu 1 y 2, ademas de The World Ends With You y ambos final fantasy. Nunca ningun problema y eso que solo tengo un Athlon64 (2.8ghz) y una 7600gs y 1 gig de ram.
En cambio en mi otra maquina, un athlonXP 2400+(2ghz), con una 5200(pedorrisima de 64bits bus en las memos, y con clocks recortados) y 1 gig de ram, se ralentizan los juegos 3D y un castlevania, no me acuerdo cual.
El mayor impacto que note en el rendimiento como ya dije, es el procesador.

que güindous estas corriendo con 256 de ram?! ya pero yaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa ponele mas memoria. y hay que ver que procesador tenes.

ok, cuando ahorre me compro una plaqueta más de memoria.... si la de un giga vale menos de 200 pesos, manos a la obra! ò_ó

Igual, no vas a notar mucha diferencia en el rendimiento. Esta todo en el procesador para el emulador n_n.