La historia se centra en Tetsuya Tsurugi, un chico huérfano que creció sin nadie más que Kenzo Kabuto, quien se pensó era el padre muerto del piloto de Mazinger Z, Koji Kabuto. Kenzo Kabuto es el creador de una nueva y mejorada versión de Mazinger, creada a partir de la versión Chogokin Z de su padre, de estructura fuerte y diseñada para pelear en contra de los nuevo enemigos de la humanidad, el Imperio de Mikenes, liderado por el Gran General de la Oscuridad y su ejército de robots . Kenzo le dio el Great Mazinger a Tetsuya para que lo pilotara, quien es acompañado por una chica, Jun Hono, en su robot femenino Venus A. Con el Mazinger original destruido, Koji viajó a América para estudiar exploración espacial y dejó la defensa de Japón en manos de Tetsuya y la Fortaleza de la Ciencia.

El entrenamiento de Tetsuya y Great Mazinger se completa justo en el momento en que Koji requería su ayuda en la Batalla contra las Bestias de Mikenes. Tetsuya lucha contra las Bestias e incluso con sus poderosos generales, enfrentándose finalmente en una ardua batalla contra el líder militar de Mikene, Ankoku Daishogun (El Gran General de la Oscuridad). Luego que es vencido el Ankoku, la fortaleza de Mycene es liderada por el hermano gemelo del Dr. Hell, el villano de Mazinger Z, quien ahora es el Gran Mariscal de la Oscuridad.